Na území Českosaského Švýcarska zcela převládají lesní biotopy. V místech přirozeného bezlesí nalezneme přírodovědně cenné a pro zdejší krajinu charakteristické skalní biotopy. Pro území chráněných krajinných oblastí obkloupujících území národních parků České a Saské Švýcarsko jsou typická rozmanitá luční společenstva. Tekoucí vody i další vodní biotopy jsou svou rozlohou zanedbatelné, zásadně však zvyšují jinak poměrně chudou druhovou rozmanitost (biodiverzitu) celého území. V tomto směru je významný především tok řeky Labe. Specifické biotopy vznikají v krajině ovlivněné činností člověka. Řada cenných biotopů je ohrožena šířením nepůvodních druhů rostlin i živočichů.

Typická krajina Českosaského Švýcarska (v popředí Rudolfův kámen). Foto: Václav Sojka