Pro společenství vyšších rostlin Českosaského Švýcarska je typický vysoký podíl subatlantských druhů (např. mokrýš vstřícnolistý, svízel skalní, mochna anglická či kapradina žebrovice různolistá). Zajímavostí je také výskyt podhorských a horských druhů v nízkých nadmořských výškách v hluboce zaříznutých soutěskách. Teplomilné druhy se naopak vyskytují na výslunných čedičových vrších, v kaňonu Labe a v nejjižnější části CHKO Labské pískovce. Velkým problémem, především v okolí vodních toků a lidských sídel, je šíření nepůvodních druhů.
Rokle a soutěsky
V hluboce zaříznutých soutěskách a dnech roklí panuje chladné a vlhké klima, díky kterému se zde setkáváme s typickými horskými a podhorskými druhy rostlin, jak jsou čípek objímavý (Streptopus amplexifolius), devětsil bílý (Petasites albus), sedmikvítek evropský (Trientalis europaea), plavuň vranec jedlový (Huperzia selago) či plavuň pučivá (Lycopodium annotinum). V nejchladnějších roklích roste jako velká rarita violka dvoukvětá (Viola biflora), která se jinak vyskytuje zejména ve vysokých horách a v arktických oblastech a patří mezi tzv. glaciální relikty („svědky doby ledové“).
Skály a sutě
Na osluněných vrcholech pískovcových skal a jižně exponovaných stěnách nalezneme maloplošná skalní vřesoviště a brusnicová keříčková společenstva, kde převládají vřes obecný (Calluna vulgaris), brusnice borůvka a b. brusinka (Vaccinium myrtillus, V. vitis-idaea). Naopak na vlhčích a zastíněných skalních ostrozích roste rojovník bahenní (Ledum palustre) a vzácná šicha černá (Empetrum nigrum).
Sutě jsou v Českosaském Švýcarsku vázány většinou na nepískovcové horniny (např. žuly v údolí Labe nebo čediče na svazích kopců). Po obvodu rozsáhlých suťových polí na Růžovském vrchu roste rybíz alpínský (Ribes alpinum), na pohyblivých sutích se vzácně vyskytuje teplomilná tolita lékařská (Vincetoxicum hirundinaria).
Lesy
Podrost bučin a doubrav na neúživných pískovcích je extrémně druhově chudý. Vyskytuje se zde jen několik druhů, jako např. bika hajní (Luzula luzuloides), metlička křivolaká (Deschampsia flexuosa), černýš luční (Melampyrum pratense), brusnice borůvka (Vaccinium myrtillus) či nápadná kapradina hasivka orličí (Pteridium aquilinum). V údolích a roklích, kde původně rostly podhorské jedlobučiny, se vyskytuje např. pstroček dvoulistý (Maianthemum bifolium), či kapradina žebrovice různolistá (Blechnum spicant).
Tzv. květnaté bučiny vyskytující se na úživnějších čedičových horninách jsou domovem pestrého společenstva bylin, ke kterým paří např. na jaře vykvétající kyčelnice devítilistá (Dentaria enneaphyllos) a kyčelnice cibulkonosná (Dentaria bulbifera), svízel vonný (Galium odoratum), hrachor jarní (Lathyrus vernus) a pitulník žlutý (Galeobdolon luteum). Na přelomu jara a léta vykvétá řada druhů trav, zejména strdivka jednokvětá (Melica uniflora), kostřava lesní (Festuca altissima) či ječmenka evropská (Hordelymus europaeus). Místy se vyskytuje měsíčnice vytrvalá (Lunaria rediviva), chráněná lilie zlatohlavá (Lilium martagon) a na Růžovském vrchu pak i vzácná kapradina laločnatá (Polystichum aculeatum).
Vody a jejich okolí
Přímo v potocích rostou např. lakušník vzplývavý (Batrachium fluitans) či hvězdoš háčkatý (Callitriche hamulata). Podmáčená stanoviště v okolí potoků (tzv. potoční luhy) jsou domovem bledule jarní (Leucojum vernum), udatny lesní (Aruncus sylvestris), žluťuchy orlíčkolisté (Thalictrum aquilegiifolium) či krabilice chlupaté (Chaerophyllum hirsutum), v teplejších částech oblasti také kopytníku evropského (Asarum europaeum), dymnivky duté (Corydalis cava) a vzácně též sasanky pryskyřníkovité (Anemone ranunculoides).
Typickými druhy rašelinišť jsou rojovník bahenní (Ledum palustre), klikva bahenní (Oxycoccus palustris), vlochyně bahenní (Vaccinium uliginosum) a suchopýr pochvatý (Eriophorum vaginatum).
V okolí Olešského rybníka v CHKO Labské pískovce se zachovaly zbytky tzv. bažinných olšin s ostřicí prodlouženou (Carex elongata). Na několika menších rybnících v levobřežní části území (Mlýnský rybník, Taubenteich) roste jako na jediných lokalitách v České republice kriticky ohrožený žabníček vzplývavý (Luronoium natans).
Labe
Pravidelně obnažované štěrkopískové náplavy Labe jsou domovem řady vzácných druhů, jako např. blatěnky vodní (Limosella aquatica), skřípiny kořenující (Scirpus radicans) a zejména drobnokvětu pobřežního (Corrigiola litoralis) a puštičky pouzdernaté (Lindernia procumbens), zjištěné pouze na saské straně.
Břehové porosty podél Labe hostí např. pažitku pobřežní (Allium schoenoprasum), řepeň polabskou (Xanthium albinum), šmel okoličnatý (Butomus umbellatus), přesličku luční (Equisetum pratense), či ostřici Buekovu (Carex buekii).
Na vlhkých loukách podél Labe na saské straně se vzácně vyskytují křivatec luční(Gagea pratensis) a ladoňka vídeňská (Scilla vindobonensis).
Údolí Labe je také domovem řady teplomilných druhů, jako např. hořčíku jestřábníkovitého (Picris hieracioides), kakostu krvavého (Geranium sanguineum), plaménku přímého (Clematis recta) a žluťuchy menší (Thalictrum minus).
Louky
Na sušších stanovištích se vyskytují tzv. ovsíkové louky s typickými druhy jako jsou ovsík vyvýšený (Arrhenatherum elatius), zvonek rozkladitý (Campanula patula) a kopretina irkutská (Leucanthemum ircutianum).
Výslunné stráně s bohatší teplomilnou květenou se vzácně vyskytují na nezalesněných kopcích sopečného původu (např. Přírodní památka Hofberg u Vysoké Lípy). K typickým druhům patří válečka prapořitá (Brachypodium pinnatum), řepík lékařský (Agrimonia eupatoria), krvavec menší (Sanquisorba minor), hlaváč žlutavý (Scabiosa ochroleuca), chrpa čekánek (Centauera scabiosa), jahodník trávnice (Fragaria viridis), sveřep vzpřímený (Bromus erectus), pcháč bezlodyžný (Cirsium acaule), prvosenka jarní (Primula veris), devaterník vejčitý (Helianthemum nummularium subsp. obscurum) a vzácně i chráněný vstavač mužský (Orchis mascula).
V chladnějších oblastech, zejména v levobřežní části území navazující na sousední Krušné hory, se zachovaly horské louky s charakteristickými druhy koprník štětinolistý (Meum athamanticum), rdesno hadí kořen (Bistorta major), pcháč různolistý (Cirsium heterophyllum), zvonečník černý (Phyteuma nigrum). Roztroušeně se vyskytují i podhorské smilkové trávníky, kde kromě typické smilky tuhé (Nardus stricta) lze vzácně nalézt i všivec lesní (Pedicularis sylvatica) nebo prhu arniku (Arnica montana), a také pastviny s poháňkou hřebenitou (Cynosurus cristatus).
Časté jsou vlhké louky s typickými druhy pcháč zelinný (Cirsium oleraceum), děhel lesní (Angelica sylvestris), blatouch bahenní (Caltha palustris) či kuklík potoční (Geum rivale). Rostou zde také ohrožené a vzácné druhy, jako např. upolín evropský (Trollius europaeus), prstnatec Fuchsův (Dactylorhiza fuchsii), p. májový (D. majalis) a vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata). Na opuštěných loukách nastupují tzv. tužebníková lada s tužebníkem jilmovým (Filipendula ulmaria), krabilicí chlupatou (Chaerophyllum hirsutum) a vrbinou obecnou (Lysimachia vulgaris).
Vzácné jsou v území střídavě vlhké bezkolencové louky, jejichž pozůstatky se zachovaly zejména v jižní části na kontaktu s Českým středohořím. Na nich se vyskytují i málo běžné druhy, jako např. ocún jesenní (Colchicum autumnale), hadí mord nízký (Scorzonera humilis) či nenápadná kapradina hadilka obecná (Ophioglossum vulgatum).
Nepůvodní druhy
Podél Labe se šíří např. hulevník nejtužší (Sisymbrium strictissimum), šťovík rozvětvený (Rumex thyrsiflorus), a také invazní druhy jako dvouzubec černoplodý (Bidens frondosa), slunečnice topinambur (Helianthus tuberosus) a zejména netýkavka žláznatá (Impatiens glandulifera), křídlatska japonská (Reynoutria japonica) a k. sachalinská (R. sachalinensis), které jsou intenzivně likvidovány především podél menších vodních toků na české straně území. K nepůvodním druhům oblasti patří též náprstník červený (Digitalis purpurea), který je zde masově rozšířen na pasekách a patří dnes již k typickým druhům oblasti, stejně jako původně asijská netýkavka malokvětá (Impatiens parviflora).
Zajímavosti
Velkou raritou území je výskyt dvou atlantských druhů kapradin z čeledi blánatcovité (Hymenophyllaceae) - blánatce kenstkého a vláskatce tajemného.
Blánatec kentský (Hymenophyllum tunbrigense) představuje nejslavnější rostlinu Českosaského Švýcarska. Byl nalezen poprvé v rokli Uttewalder Grund na saské straně území v roce 1847, na české straně existuje údaj z Edmundovy soutěsky. Všechna naleziště patří dnes již bohužel minulosti, zejména v důsledku nadměrného sběru do herbářů.
Vláskatec tajemný (Trichomanes speciosum) byl v Českosaském Švýcarsku objeven teprve v roce 1993 v soutěsce Suché Kamenice u Hřenska, a to jako na prvním místě ve střední Evropě. Zajímavostí je, že tento druh se zde vyskytuje pouze ve stádiu tzv. prvoklíčku (gametofytu).
